国や地方公共団体等より補助金を受ける事業者（以下「補助事業者」という。）は消費税の計算の際、補助金収入を消費税法上の不課税取引として取り扱いますが、補助金に伴う事業経費は、控除対象仕入税額として仕入税額控除することも可能なので、消費税の処理に注意する必要があります。
ところが、受領した補助金のうち消費税相当額を返還しなければならないケースがあります。 補助金申請時の金額が税抜き金額であれば、認定された補助金において消費税相当額の返還の必要はありませんが、税込み金額の場合は消費税相当額の補助金の返還が必要になる可能性があります。控除対象仕入税額のうち補助金に係る部分については、返還を求められることがあるという事です。
つまり補助事業者が、補助金の交付を受けて補助事業を実施するにあたり、購入資産等の課税仕入れを行い、消費税申告の際に仕入税額控除した場合、その補助事業者は消費税額を実質的に負担していないことになるからです。補助を行っている国等からみた場合、補助金を助成しつつ、補助金に係る部分の控除も行っていることになるので、消費税の控除対象仕入額と補助金の交付額が重複すると考えられるためです。
上記の内容は補助金を税抜き、税込みで申請する場合や補助事業者の消費税申告内容によって異なる対応が必要となりますので、自社の消費税の申告内容を確認して対応することになります。
